In view of changed data in upstream BaseR strategy (without loading any extra pacakage/library)
#create an empty list for output seq_list <- vector(mode = "list", length = length(upstream[[2]])) #name it according to genes seq_list <- setNames(seq_list, upstream[[1]]) #create an empty vector for storing intermediate objects seq_score<-vector() #modify upstream to split the nucleotides upstream <- sapply(upstream[[2]], function(x) strsplit(x, "")) #actual for loop for(k in seq_along(upstream)){ for(i in seq_len(length(upstream[[k]]) -17)){ for(j in 1:18){ seq_score[j] <- argRcount[upstream[[k]][i + j -1], j] seq_list[[k]][i] <- sum(seq_score) } } } #output seq_list #check it str(seq_list) List of 5 $ 16127995: num [1:433] -6.01 -4.97 -10.22 -11.17 -4.3 ... $ 16127996: num [1:433] -9.81 -8.91 -10.75 -3.88 3.06 ... $ 16127997: num [1:433] -8.6 -3.81 -4.76 -9.88 -16.98 ... $ 16127998: num [1:433] -10.49 -8.48 -5.51 -9.31 -7.3 ... $ 16127999: num [1:433] -10.75 -15.01 -8.22 -8.08 -9.8 ...
old answer
For your earlier dput of upstream I have tried this nested for loop. getting your desired out in seq_list.
#create an empty list for final output seq_list <- vector(mode = "list", length = length(upstream)) #create an empty vector for intermediate results seq_score<- vector() #for loop for(k in seq_along(upstream)){ for(i in seq_len(length(upstream[[k]]) -17)){ for(j in 1:18){ seq_score[j] <- argRcount[upstream[[k]][i + j -1], j] seq_list[[k]][i] <- sum(seq_score) } } } str(seq_list) List of 10 $ : num [1:433] -6.01 -4.97 -10.22 -11.17 -4.3 ... $ : num [1:433] -9.81 -8.91 -10.75 -3.88 3.06 ... $ : num [1:433] -8.6 -3.81 -4.76 -9.88 -16.98 ... $ : num [1:433] -10.49 -8.48 -5.51 -9.31 -7.3 ... $ : num [1:433] -10.75 -15.01 -8.22 -8.08 -9.8 ... $ : num [1:433] -9.69 -9.49 -4.56 -7.93 -10.06 ... $ : num [1:433] -7.95 -9.12 -12.18 -7.26 -9.62 ... $ : num [1:433] -10.22 -3.94 -10.88 -4.6 -7.54 ... $ : num [1:433] -8.57 -10.67 -9.04 -8.94 -12.3 ... $ : num [1:433] 0.0425 -3.5291 -9.2187 -6.5724 2.3064 ...
dput of earlier upstream used
upstream <- list(c("a", "a", "c", "g", "g", "c", "a", "g", "a", "c", "c", "a", "a", "c", "a", "t", "c", "a", "a", "c", "t", "g", "c", "a", "a", "g", "c", "t", "t", "t", "a", "c", "g", "c", "g", "a", "a", "c", "g", "a", "g", "c", "c", "a", "t", "g", "a", "c", "a", "t", "t", "g", "c", "t", "g", "a", "c", "g", "a", "c", "t", "c", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "a", "t", "g", "a", "c", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "t", "c", "g", "a", "c", "t", "g", "g", "t", "t", "a", "c", "a", "a", "c", "a", "a", "c", "g", "c", "c", "t", "g", "g", "g", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "a", "g", "a", "g", "c", "a", "a", "c", "g", "a", "g", "a", "c", "a", "c", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "g", "t", "t", "g", "c", "a", "c", "c", "g", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "g", "c", "a", "t", "g", "a", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "a", "t", "c", "a", "c", "c", "a", "a", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "c", "g", "c", "c", "t", "t", "a", "g", "t", "a", "a", "g", "t", "a", "t", "t", "t", "t", "t", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "t", "g", "a", "c", "t", "g", "c", "a", "a", "c", "g", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "a", "t", "g", "t", "c", "t", "c", "t", "g", "t", "g", "t", "g", "g", "a", "t", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "g", "a", "g", "t", "g", "t", "c", "t", "g", "a", "t", "a", "g", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "c", "t", "g", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "t", "t", "a", "c", "c", "t", "g", "c", "c", "g", "t", "g", "a", "g", "t", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "a", "a", "a", "t", "t", "t", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "c", "t", "t", "a", "g", "g", "t", "c", "a", "c", "t", "a", "a", "a", "t", "a", "c", "t", "t", "t", "a", "a", "c", "c", "a", "a", "t", "a", "t", "a", "g", "g", "c", "a", "t", "a", "g", "c", "g", "c", "a", "c", "a", "g", "a", "c", "a", "g", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "c", "a", "g", "a", "g", "t", "a", "c", "a", "c", "a", "a", "c", "a", "t", "c", "c", "a", "t", "g", "a", "a", "a", "c", "g", "c", "a", "t", "t", "a", "g", "c", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "c", "a", "g", "g"), c("c", "c", "g", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "g", "c", "a", "t", "g", "a", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "a", "t", "c", "a", "c", "c", "a", "a", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "c", "g", "c", "c", "t", "t", "a", "g", "t", "a", "a", "g", "t", "a", "t", "t", "t", "t", "t", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "t", "g", "a", "c", "t", "g", "c", "a", "a", "c", "g", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "a", "t", "g", "t", "c", "t", "c", "t", "g", "t", "g", "t", "g", "g", "a", "t", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "g", "a", "g", "t", "g", "t", "c", "t", "g", "a", "t", "a", "g", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "c", "t", "g", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "t", "t", "a", "c", "c", "t", "g", "c", "c", "g", "t", "g", "a", "g", "t", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "a", "a", "a", "t", "t", "t", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "c", "t", "t", "a", "g", "g", "t", "c", "a", "c", "t", "a", "a", "a", "t", "a", "c", "t", "t", "t", "a", "a", "c", "c", "a", "a", "t", "a", "t", "a", "g", "g", "c", "a", "t", "a", "g", "c", "g", "c", "a", "c", "a", "g", "a", "c", "a", "g", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "c", "a", "g", "a", "g", "t", "a", "c", "a", "c", "a", "a", "c", "a", "t", "c", "c", "a", "t", "g", "a", "a", "a", "c", "g", "c", "a", "t", "t", "a", "g", "c", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "c", "a", "g", "g", "t", "a", "a", "c", "g", "g", "t", "g", "c", "g", "g", "g", "c", "t", "g", "a", "c", "g", "c", "g", "t", "a", "c", "a", "g", "g", "a", "a", "a", "c", "a", "c", "a", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "g", "c", "c", "c", "g", "c", "a", "c", "c", "t", "g", "a", "c", "a", "g", "t", "g", "c", "g", "g", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "c", "g", "a", "c", "c", "a", "a", "a", "g", "g", "t", "a", "a", "c", "g", "a", "g", "g", "t", "a", "a", "c", "a", "a", "c", "c", "a", "t", "g", "c", "g", "a", "g", "t", "g", "t", "t", "g", "a", "a", "g", "t", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "g", "t", "a", "c", "a", "t", "c", "a", "g", "t", "g", "g", "c", "a", "a", "a", "t", "g", "c", "a", "g", "a", "a", "c", "g", "t", "t", "t"), c("g", "a", "a", "a", "c", "g", "g", "g", "a", "c", "g", "t", "g", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "a", "g", "c", "t", "g", "g", "c", "g", "g", "a", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "a", "a", "t", "t", "g", "a", "a", "c", "c", "t", "g", "t", "g", "c", "t", "g", "c", "c", "c", "g", "c", "a", "g", "a", "g", "t", "t", "t", "a", "a", "c", "g", "c", "c", "g", "a", "g", "g", "g", "t", "g", "a", "t", "g", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "a", "t", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "t", "c", "t", "g", "t", "c", "a", "c", "a", "a", "c", "t", "c", "g", "a", "c", "g", "a", "t", "c", "t", "c", "t", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "c", "g", "c", "g", "c", "g", "t", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "g", "g", "c", "c", "c", "g", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "a", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "g", "t", "t", "t", "t", "g", "c", "g", "c", "t", "a", "t", "g", "t", "t", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "a", "g", "a", "t", "g", "g", "c", "g", "t", "c", "t", "g", "c", "c", "g", "c", "g", "t", "g", "a", "a", "g", "a", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "a", "a", "g", "t", "g", "g", "a", "t", "g", "g", "t", "a", "a", "t", "g", "a", "t", "c", "c", "g", "c", "t", "g", "t", "t", "c", "a", "a", "a", "g", "t", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "a", "a", "c", "g", "c", "c", "c", "t", "g", "g", "c", "c", "t", "t", "c", "t", "a", "t", "a", "g", "c", "c", "a", "c", "t", "a", "t", "t", "a", "t", "c", "a", "g", "c", "c", "g", "c", "t", "g", "c", "c", "g", "t", "t", "g", "g", "t", "a", "c", "t", "g", "c", "g", "c", "g", "g", "a", "t", "a", "t", "g", "g", "t", "g", "c", "g", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "g", "a", "c", "g", "t", "t", "a", "c", "a", "g", "c", "t", "g", "c", "c", "g", "g", "t", "g", "t", "c", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "g", "a", "t", "c", "t", "g", "c", "t", "a", "c", "g", "t", "a", "c", "c", "c", "t", "c", "t", "c", "a", "t", "g", "g", "a", "a", "g", "t", "t", "a", "g", "g", "a", "g", "t", "c", "t", "g", "a", "c", "a", "t", "g", "g", "t", "t", "a", "a", "a", "g", "t", "t", "t", "a", "t", "g", "c", "c", "c", "c", "g", "g", "c", "t", "t", "c", "c", "a", "g", "t", "g", "c", "c", "a", "a", "t", "a", "t", "g", "a", "g", "c", "g", "t", "c", "g", "g", "g", "t", "t"), c("g", "g", "g", "g", "a", "t", "t", "a", "a", "a", "g", "t", "c", "t", "c", "g", "a", "c", "g", "g", "c", "a", "g", "a", "a", "g", "c", "c", "a", "g", "g", "g", "c", "t", "a", "t", "t", "t", "t", "a", "c", "c", "g", "g", "c", "g", "c", "a", "g", "t", "a", "t", "c", "g", "c", "c", "g", "c", "c", "a", "g", "g", "a", "t", "t", "g", "c", "a", "t", "t", "g", "c", "g", "c", "a", "c", "g", "g", "g", "c", "g", "a", "c", "a", "t", "c", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "g", "c", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "a", "c", "g", "c", "c", "t", "g", "c", "t", "a", "t", "t", "c", "c", "c", "g", "t", "c", "a", "g", "c", "c", "t", "g", "a", "g", "c", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "c", "g", "a", "a", "g", "c", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "a", "a", "g", "a", "t", "g", "t", "t", "a", "t", "c", "g", "c", "t", "g", "a", "a", "c", "c", "c", "t", "a", "c", "c", "g", "t", "g", "a", "a", "c", "g", "g", "t", "t", "a", "c", "t", "g", "c", "c", "a", "g", "g", "c", "t", "t", "c", "c", "g", "g", "c", "a", "g", "g", "c", "g", "c", "g", "g", "c", "a", "g", "g", "c", "g", "g", "t", "c", "g", "c", "g", "g", "a", "a", "a", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "c", "g", "g", "t", "a", "g", "c", "g", "a", "g", "c", "g", "g", "t", "a", "t", "c", "t", "c", "c", "g", "g", "c", "t", "c", "c", "g", "g", "c", "c", "c", "g", "a", "c", "c", "t", "t", "g", "t", "t", "c", "g", "c", "t", "c", "t", "g", "t", "g", "t", "g", "a", "c", "a", "a", "g", "c", "c", "g", "g", "a", "a", "a", "c", "c", "g", "c", "c", "c", "a", "g", "c", "g", "c", "g", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "a", "c", "t", "g", "g", "t", "t", "g", "g", "g", "t", "a", "a", "g", "a", "a", "c", "t", "a", "c", "c", "t", "g", "c", "a", "a", "a", "a", "t", "c", "a", "g", "g", "a", "a", "g", "g", "t", "t", "t", "t", "g", "t", "t", "c", "a", "t", "a", "t", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "g", "c", "t", "g", "g", "a", "t", "a", "c", "g", "g", "c", "g", "g", "g", "c", "g", "c", "a", "c", "g", "a", "g", "t", "a", "c", "t", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "c", "t", "a", "a", "a", "t", "g", "a", "a", "a", "c", "t", "c", "t", "a", "c", "a", "a", "t", "c", "t", "g", "a", "a", "a", "g", "a", "t", "c", "a", "c", "a", "a", "c", "g", "a", "g", "c", "a", "g", "g", "t", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "t", "g", "c", "g", "c", "a"), c("a", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "t", "a", "t", "g", "g", "c", "t", "t", "g", "t", "t", "c", "c", "t", "c", "g", "g", "c", "a", "c", "c", "g", "c", "g", "c", "a", "t", "c", "c", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "a", "t", "t", "t", "a", "a", "a", "g", "a", "g", "a", "g", "c", "g", "t", "g", "g", "a", "a", "g", "c", "g", "a", "t", "t", "c", "t", "c", "g", "g", "t", "g", "a", "a", "a", "c", "g", "t", "t", "g", "g", "a", "t", "c", "t", "g", "c", "c", "a", "a", "a", "a", "g", "a", "g", "c", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "a", "a", "c", "g", "t", "g", "c", "t", "g", "a", "t", "t", "t", "a", "c", "c", "c", "t", "t", "g", "c", "t", "t", "t", "c", "a", "c", "a", "t", "a", "a", "t", "c", "t", "g", "c", "c", "c", "g", "c", "c", "g", "a", "t", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "g", "c", "g", "t", "t", "g", "c", "g", "t", "a", "a", "a", "t", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "a", "t", "c", "a", "t", "c", "a", "g", "t", "a", "a", "a", "a", "t", "c", "t", "a", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "a", "t", "c", "t", "c", "a", "a", "t", "c", "a", "g", "g", "c", "c", "g", "g", "g", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "a", "t", "g", "c", "a", "g", "c", "c", "c", "g", "g", "c", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "a", "t", "g", "a", "a", "g", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "t", "g", "g", "a", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "g", "a", "c", "a", "g", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "g", "g", "a", "g", "a", "a", "a", "t", "t", "c", "t", "c", "a", "a", "t", "a", "a", "a", "t", "g", "c", "g", "g", "t", "a", "a", "c", "t", "t", "a", "g", "a", "g", "a", "t", "t", "a", "g", "g", "a", "t", "t", "g", "c", "g", "g", "a", "g", "a", "a", "t", "a", "a", "c", "a", "a", "c", "c", "g", "c", "c", "g", "t", "t", "c", "t", "c", "a", "t", "c", "g", "a", "g", "t", "a", "a", "t", "c", "t", "c", "c", "g", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "g", "a", "c", "c", "c", "a", "t", "a", "a", "c", "g", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "g", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "g", "g", "a", "g", "t", "a", "a", "c", "c", "t", "g", "t", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "g", "a", "t", "g", "c", "a", "a", "t", "c", "t", "a", "t", "c", "g", "t", "a", "c", "t", "c", "g", "c", "a", "c", "t", "t", "t", "c", "c", "c", "t", "g", "g", "t", "t", "c", "t", "g", "g", "t", "c", "g", "c"), c("c", "t", "a", "c", "a", "t", "t", "t", "a", "t", "g", "c", "c", "g", "a", "a", "a", "a", "c", "a", "a", "t", "c", "t", "c", "t", "t", "c", "t", "t", "t", "t", "t", "a", "c", "g", "c", "c", "t", "g", "a", "a", "c", "a", "a", "c", "c", "c", "t", "a", "a", "a", "g", "c", "g", "a", "t", "c", "t", "g", "g", "t", "g", "t", "t", "t", "g", "c", "g", "g", "a", "t", "c", "t", "g", "c", "a", "c", "c", "t", "t", "c", "g", "c", "a", "a", "c", "g", "g", "t", "c", "a", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "g", "c", "a", "c", "c", "t", "t", "g", "c", "t", "a", "a", "g", "c", "c", "t", "t", "c", "c", "g", "c", "t", "g", "a", "t", "g", "t", "g", "g", "c", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "a", "t", "a", "a", "t", "g", "g", "c", "c", "t", "g", "c", "a", "t", "g", "g", "c", "t", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "a", "t", "t", "t", "g", "a", "c", "c", "g", "c", "c", "a", "t", "t", "t", "t", "a", "c", "t", "g", "c", "t", "c", "t", "c", "g", "c", "c", "t", "g", "t", "g", "g", "t", "t", "c", "a", "t", "a", "c", "c", "a", "t", "t", "g", "c", "c", "a", "g", "t", "g", "a", "t", "t", "a", "t", "c", "t", "a", "c", "g", "c", "c", "a", "g", "c", "g", "t", "a", "a", "a", "c", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "t", "g", "c", "g", "c", "c", "c", "g", "g", "t", "g", "t", "t", "t", "g", "a", "t", "c", "c", "a", "t", "t", "g", "c", "g", "t", "t", "a", "t", "c", "c", "g", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "g", "g", "t", "c", "g", "c", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "t", "c", "t", "c", "c", "g", "g", "a", "c", "g", "c", "g", "t", "g", "g", "g", "a", "t", "g", "a", "t", "g", "t", "t", "t", "c", "g", "c", "a", "g", "g", "a", "g", "t", "a", "a", "t", "c", "a", "c", "a", "a", "c", "t", "a", "t", "c", "g", "a", "t", "c", "a", "a", "c", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "t", "c", "a", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "a", "a", "a", "g", "t", "c", "g", "g", "c", "a", "t", "a", "a", "a", "t", "t", "t", "c", "c", "t", "g", "c", "a", "a", "g", "g", "a", "c", "t", "g", "g", "a", "t", "a", "t", "g", "c", "t", "g", "a", "t", "t", "c", "t", "t", "a", "t", "t", "t", "c", "a", "c", "c", "t", "g", "c", "g", "a", "a", "a", "a", "c", "g", "c", "t", "t", "g", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "a", "a", "g", "c", "c", "c", "g", "t", "t"), c("t", "t", "a", "a", "g", "a", "a", "t", "g", "a", "g", "a", "g", "a", "a", "g", "g", "g", "t", "t", "g", "g", "t", "t", "g", "t", "g", "g", "c", "a", "t", "c", "c", "t", "g", "c", "g", "g", "t", "t", "g", "a", "t", "a", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "c", "g", "a", "t", "g", "t", "c", "c", "c", "c", "a", "g", "t", "g", "t", "c", "g", "g", "c", "c", "a", "c", "t", "a", "c", "g", "g", "t", "g", "g", "t", "g", "t", "a", "c", "t", "g", "a", "c", "g", "a", "a", "g", "g", "g", "a", "g", "g", "t", "c", "a", "a", "t", "t", "t", "g", "t", "c", "c", "g", "t", "c", "a", "t", "g", "a", "t", "a", "g", "t", "a", "t", "t", "t", "c", "t", "c", "t", "t", "t", "a", "a", "a", "c", "a", "g", "c", "t", "t", "g", "t", "t", "a", "g", "g", "g", "g", "g", "a", "t", "g", "t", "a", "a", "c", "c", "g", "g", "t", "c", "t", "g", "c", "c", "c", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "a", "c", "g", "a", "c", "g", "c", "a", "a", "c", "g", "t", "c", "a", "g", "c", "g", "c", "a", "a", "c", "c", "g", "c", "c", "g", "a", "c", "a", "a", "g", "a", "c", "g", "g", "t", "t", "a", "t", "c", "g", "c", "c", "a", "g", "g", "c", "g", "a", "g", "a", "c", "t", "g", "t", "t", "t", "c", "g", "g", "a", "t", "t", "t", "c", "t", "g", "a", "c", "a", "c", "t", "g", "c", "g", "t", "t", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "g", "c", "c", "c", "g", "c", "c", "a", "t", "t", "t", "t", "t", "a", "t", "a", "c", "a", "a", "a", "a", "c", "c", "t", "c", "a", "t", "g", "t", "a", "t", "g", "c", "t", "a", "c", "g", "c", "a", "g", "a", "a", "g", "t", "t", "a", "t", "c", "a", "a", "g", "t", "a", "c", "c", "t", "c", "g", "t", "a", "g", "c", "g", "t", "a", "t", "a", "t", "a", "c", "t", "t", "c", "t", "t", "a", "a", "a", "c", "a", "a", "t", "t", "g", "g", "t", "a", "a", "c", "g", "t", "t", "t", "a", "c", "a", "c", "a", "g", "g", "a", "a", "a", "g", "t", "c", "a", "t", "c", "g", "c", "g", "a", "c", "c", "g", "g", "c", "a", "a", "t", "a", "a", "g", "a", "g", "g", "g", "a", "t", "a", "t", "g", "c", "a", "t", "g", "c", "c", "a", "g", "a", "t", "t", "t", "t", "t", "t", "c", "t", "c", "c", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "a", "a", "c", "a", "g", "c", "g", "t", "c", "c", "t", "t", "t", "g", "g", "g", "g", "a", "t", "c", "g", "g", "t", "a", "a", "t"), c("c", "g", "g", "a", "t", "g", "t", "a", "g", "c", "g", "a", "a", "a", "c", "t", "g", "c", "a", "c", "a", "a", "a", "t", "c", "c", "g", "g", "t", "g", "c", "g", "a", "a", "a", "a", "g", "t", "g", "a", "a", "c", "c", "a", "a", "c", "a", "a", "c", "c", "t", "g", "c", "g", "c", "c", "g", "a", "a", "g", "a", "g", "c", "a", "g", "g", "t", "a", "a", "a", "t", "c", "a", "t", "t", "a", "c", "c", "g", "a", "t", "c", "c", "c", "c", "a", "a", "a", "g", "g", "a", "c", "g", "c", "t", "g", "t", "t", "a", "a", "t", "g", "a", "a", "g", "g", "a", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "c", "t", "g", "g", "c", "a", "t", "g", "c", "a", "t", "a", "t", "c", "c", "c", "t", "c", "t", "t", "a", "t", "t", "g", "c", "c", "g", "g", "t", "c", "g", "c", "g", "a", "t", "g", "a", "c", "t", "t", "t", "c", "c", "t", "g", "t", "g", "t", "a", "a", "a", "c", "g", "t", "t", "a", "c", "c", "a", "a", "t", "t", "g", "t", "t", "t", "a", "a", "g", "a", "a", "g", "t", "a", "t", "a", "t", "a", "c", "g", "c", "t", "a", "c", "g", "a", "g", "g", "t", "a", "c", "t", "t", "g", "a", "t", "a", "a", "c", "t", "t", "c", "t", "g", "c", "g", "t", "a", "g", "c", "a", "t", "a", "c", "a", "t", "g", "a", "g", "g", "t", "t", "t", "t", "g", "t", "a", "t", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "g", "g", "c", "g", "g", "g", "c", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "a", "a", "c", "g", "c", "a", "g", "t", "g", "t", "c", "a", "g", "a", "a", "a", "t", "c", "c", "g", "a", "a", "a", "c", "a", "g", "t", "c", "t", "c", "g", "c", "c", "t", "g", "g", "c", "g", "a", "t", "a", "a", "c", "c", "g", "t", "c", "t", "t", "g", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "g", "t", "t", "g", "c", "g", "c", "t", "g", "a", "c", "g", "t", "t", "g", "c", "g", "t", "c", "g", "t", "g", "a", "t", "a", "t", "c", "a", "t", "c", "a", "g", "g", "g", "c", "a", "g", "a", "c", "c", "g", "g", "t", "t", "a", "c", "a", "t", "c", "c", "c", "c", "c", "t", "a", "a", "c", "a", "a", "g", "c", "t", "g", "t", "t", "t", "a", "a", "a", "g", "a", "g", "a", "a", "a", "t", "a", "c", "t", "a", "t", "c", "a", "t", "g", "a", "c", "g", "g", "a", "c", "a", "a", "a", "t", "t", "g", "a", "c", "c", "t", "c", "c", "c", "t", "t", "c", "g", "t", "c", "a", "g", "t", "a", "c", "a", "c", "c", "a", "c", "c", "g", "t", "a", "g", "t", "g", "g", "c", "c", "g", "a"), c("g", "g", "g", "c", "g", "c", "a", "a", "g", "c", "t", "t", "c", "c", "g", "t", "a", "a", "c", "a", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "a", "t", "t", "c", "t", "g", "g", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "g", "c", "t", "g", "c", "g", "a", "c", "c", "g", "t", "c", "t", "g", "a", "c", "c", "a", "t", "c", "g", "c", "a", "c", "c", "g", "g", "c", "a", "c", "t", "g", "c", "t", "g", "a", "a", "a", "g", "a", "g", "c", "t", "g", "g", "c", "g", "g", "a", "g", "a", "g", "c", "g", "a", "a", "g", "g", "g", "g", "c", "t", "a", "t", "c", "g", "a", "a", "c", "g", "t", "a", "a", "a", "c", "t", "g", "t", "c", "t", "t", "a", "c", "a", "c", "c", "g", "g", "c", "g", "a", "a", "g", "t", "g", "a", "a", "a", "g", "c", "g", "c", "g", "t", "c", "c", "g", "g", "c", "g", "c", "g", "t", "a", "t", "c", "a", "c", "t", "g", "a", "g", "t", "c", "c", "g", "a", "g", "t", "t", "c", "c", "t", "g", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "c", "a", "c", "a", "a", "c", "c", "a", "g", "g", "a", "t", "c", "c", "a", "a", "t", "g", "g", "c", "a", "g", "t", "a", "g", "a", "t", "a", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "c", "g", "g", "a", "a", "g", "g", "t", "a", "t", "c", "c", "g", "t", "a", "a", "g", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "a", "t", "t", "g", "a", "c", "c", "a", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "c", "t", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "g", "a", "t", "c", "g", "g", "c", "g", "a", "t", "c", "t", "g", "c", "t", "g", "t", "a", "a", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "t", "t", "a", "g", "c", "g", "t", "g", "a", "c", "c", "g", "g", "g", "a", "a", "g", "t", "c", "g", "g", "t", "c", "a", "c", "g", "c", "t", "a", "c", "c", "t", "c", "t", "t", "c", "t", "g", "a", "a", "g", "c", "c", "t", "g", "t", "c", "t", "g", "t", "c", "a", "c", "t", "c", "c", "c", "t", "t", "c", "g", "c", "a", "g", "t", "g", "t", "a", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "t", "g", "t", "t", "t", "a", "a", "c", "g", "a", "g", "a", "c", "t", "g", "t", "t", "t", "a", "a", "a", "c", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "a", "t", "c", "t", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "a", "t", "a", "c", "t", "t", "t", "a", "c", "g", "t", "a", "t", "t", "g", "g", "c", "t", "t", "a", "g", "t", "t", "t", "c", "c", "a", "t", "c", "t", "c", "t", "g", "a", "t", "c", "g", "c", "g", "c", "a", "t", "c", "c", "a", "g"), c("c", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "a", "a", "g", "a", "c", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "t", "t", "g", "g", "c", "a", "a", "a", "a", "g", "g", "t", "g", "t", "g", "t", "c", "g", "c", "a", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "t", "t", "c", "c", "a", "g", "c", "c", "a", "a", "c", "t", "g", "a", "c", "c", "c", "g", "c", "a", "t", "t", "t", "t", "a", "c", "g", "c", "a", "c", "c", "c", "a", "c", "g", "c", "a", "g", "c", "a", "a", "t", "g", "a", "g", "c", "g", "t", "a", "c", "t", "t", "g", "g", "g", "c", "a", "t", "g", "g", "t", "t", "t", "g", "c", "t", "g", "c", "g", "c", "g", "g", "c", "g", "c", "g", "g", "g", "g", "c", "t", "g", "g", "g", "a", "g", "g", "c", "c", "c", "t", "g", "t", "a", "g", "g", "t", "g", "c", "g", "g", "c", "a", "c", "t", "a", "a", "a", "t", "g", "g", "g", "g", "t", "t", "a", "a", "a", "g", "c", "g", "g", "t", "c", "a", "g", "c", "g", "g", "c", "a", "g", "c", "g", "c", "c", "t", "a", "t", "c", "g", "c", "g", "t", "g", "a", "c", "g", "a", "t", "t", "c", "c", "a", "g", "c", "c", "g", "t", "a", "c", "t", "g", "c", "a", "a", "a", "t", "c", "g", "c", "c", "t", "g", "c", "c", "t", "g", "c", "g", "c", "c", "g", "g", "a", "t", "g", "g", "t", "t", "a", "g", "c", "g", "c", "c", "a", "c", "t", "c", "a", "g", "g", "t", "c", "t", "g", "a", "t", "a", "c", "c", "g", "g", "a", "a", "a", "c", "c", "g", "g", "g", "g", "a", "a", "a", "a", "t", "t", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "t", "t", "c", "c", "c", "c", "t", "c", "a", "a", "a", "a", "g", "a", "t", "c", "g", "t", "a", "g", "a", "c", "a", "c", "t", "g", "c", "c", "c", "c", "a", "c", "t", "g", "g", "c", "t", "g", "a", "t", "t", "a", "t", "t", "a", "t", "g", "c", "c", "g", "c", "g", "c", "c", "c", "t", "g", "a", "a", "a", "a", "c", "a", "c", "t", "a", "c", "a", "g", "t", "t", "a", "t", "t", "c", "a", "g", "g", "g", "a", "a", "a", "t", "t", "a", "t", "t", "t", "c", "a", "c", "c", "a", "t", "t", "c", "a", "t", "t", "c", "g", "a", "t", "g", "a", "t", "g", "a", "t", "t", "t", "t", "t", "g", "a", "g", "g", "a", "a", "t", "t", "a", "t", "g", "g", "g", "c", "a", "a", "c", "a", "c", "t", "a", "a", "g", "t", "t", "g", "g", "c", "t", "a", "a", "t", "c", "c", "g", "g", "c", "a", "c", "c", "g", "c", "t", "g", "g", "g", "c", "c", "t", "g", "a", "t", "g", "g", "g", "c", "t", "t"))
argRcount[upstream[[1]][i],i]fails after i >18 as there are only 18 columns in argRcount. Conside pacakgezooorrunnerfor this rolling computation. Else consider nested loops.